Shouichi, Ryo và Hikawa phải chiến đấu với một làn sóng Unknowns mới, nhưng lại phải đối mặt với một mối đe dọa khác dưới dạng G4, một Bộ đồ Chiến đấu khác được thiết kế để chống lại Unknowns, nhưng có khả năng mạnh hơn và ở sai phe.